Es gibt bestimmte Indikationen, die in Bezug auf eine Arzneimittelsubstitution als kritisch zu bewerten sind, z. B. wenn betroffene Patienten aufgrund einer komplexen, langwierigen und/oder belastenden Therapie besonders anfällig für Compliance-Probleme sind.

Zu den kritischen Indikationen zählen z. B. Krebserkrankungen, die meist eine Einnahme mehrerer Medikamente über lange Zeiträume erfordern und aufgrund schwerer Nebenwirkungen sehr belastend für den Patienten sein können. Erschwerend kommt hinzu, dass es sich bei Krebspatienten überwiegend um ältere Menschen handelt.

Auch bei anderen kritischen Indikationen, wie z. B. chronische Schmerzen, kann die Anwendung Pharmazeutischer Bedenken ein wichtiges Instrument zur Therapiesicherung sein.